История СК «Сан-Фернандо» началась летом 1940 года, когда в одну решили объединиться сразу три островные команды – «Атлетико» Сан-Фернандо, «Арсенал» и ФК «Сан-Фернандо». Чтобы никого не обижать президентов тоже решили сделать сразу троих. А вот название  смешивать не стали и имя дали вполне оригинальное - СК «Одиннадцать дьяволов». Впрочем, с таким названием клуб долго не просуществовал. Уже через два года по совету одного из президентов «дьяволы» провели ребрендинг и стали СК «Сан-Фернандо». Утвердили и цвета: голубые майки, белые шорты и синие гетры.

Начинал клуб с самых низов – то есть со второй Андалузской лиги. Однако дела быстро пошли в гору и вскоре команда пробилась в Терсеру – аналог российского КФК. Вообще до 1954 года «Сан-Фернандо» только и делал, что прогрессировал. Даже в Сегунду В выбился, выдав просто феерический сезон – 141 мяч был забит, из них 39 упаковал в ворота соперников местный кумир Урибаррен, длительная домашняя победная серия… Проведя в Сегунде В несколько чемпионатов клуб выпал обратно в Терсеру, где какое-то время еще ходил среди лидеров, периодически меняю одну лигу на другую, но с 1972 года приходит для «Сан-Фернандо» трудное время – клуб отчаянно борется за выживание в Терсере. И надо сказать весьма успешно. А в 1979 году «островитяне» неожиданно для всех выстреливают в Сегунду В. Этот грандиозный успех становится возможным благодаря работе интересного тренера Хоакина Каррераса, который пользовался большим уважением у местных игроков. Стоит сказать, что по окончании решающего матча, позволившего «Сан-Фернандо» подняться в Сегунду В, игроки посадили тренера себе на плечи и совершили таким образом круг почета, доведя местную инчаду до экстаза.

В Сегунду В «асулиньос» вернулись ровно на четыре чемпионата, в первом из которых забрались аж на четвертую позицию. Но в истории этого клуба успех всегда шел рука об руку с неудачей. Вот и здесь «Сан-Фернандо» за два года провалился сразу на два дивизиона вниз. Дошло до того, что местные болельщики открыто отвернулись от команды-неудачницы. Но клуб, который вдобавок накрыли еще и экономические проблемы, выстоял. Архитектором подъема выступил тренер Хуанито Мариано, которому удалось и игру настроить и с болельщиками связь наладить. Уже через год пребывания в Андалузской лиге «островитяне» оформляют камбэк в Терсеру. Вследствие финансовых затруднений «асулиньос» вынуждены делать ставку на доморощенных футболистов и на то, чтобы вывести их на новый уровень уходит долгих девять лет. Но ставка себя оправдала – 12 июня 1994 года становится новой памятной датой в истории «Сан-Фернандо». В сложнейшем и невероятно нервном поединке, в котором все решил один-единственный гол Лоло на 16-й минуте, хозяев поддерживали 8000 болельщиков, в конце игры окруживших поле живой стеной и серьезно затруднявших работу боковых судей, чье «место» было занято инчас. С финальным свистком в городе начались массовые гуляния, в которых активное участие приняла и команда.

Через год там уже царили другие настроения – «островитяне» оформляли очередное понижение в Терсеру. Однако сезон в Сегунде В не прошел для них даром – был открыт счет кадисским дерби. Уже в 1 туре состоялся матч «Сан-Фернандо» - «Кадис» (город Сан-Фернандо входит в провинцию Кадис), который, впрочем, победителя не выявил (1:1).

Очередное пребывание в Терсере растянулось для «асулиньос» на долгих шесть лет. Были в эти годы минимальные успехи, однако все они заканчивались на стадии плей-офф. Пока, наконец, этот барьер не был преодолен. Но никаких ярких воспоминаний кроме 12 места в один из чемпионатов двухлетний заход «островитян» в Сегунду В не принес. Зато потом… Клуб вновь выпадает в Терсеру и, несмотря на достойное выступление там, постепенно приближается к финансовому краху. В сезоне 2007/2008 «островитянам» удается занять первое место в своей группе Х и через сито отборочных игр вернуться в Сегунду В, однако следующий год, который «Сан-Фернандо» провели там, стал для клуба последним – «асулиньос» были погребены долгами на два миллиона евро…

Впрочем, сдаваться никто не собирался. Муниципалитет города Сан-Фернандо практически сразу принял решение о возрождении клуба, который вместо СК «Сан-Фернандо» теперь стал называться «Сан-Фернандо» СК. И надо сказать, что преемник пока идет по стопам своего почившего в бозе предшественника. Быстрый подъем из чемпионата Андалусии в Терсеру, где в первый же год они пробились в плей-офф. Но неудачно. В этом году «островитяне» продолжают свой поход в заветную Сегунду В.